Andacht bewahren – Werte erhalten
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Die Klosterkirche ist heute Gemeindekirche von Lüne. Die Schlichtheit und klaren Formen des Kircheninnenraums spiegeln die Ordensarchitektur der Zeit um 1400 wider, als man mit dem Bau der Kirche begann. Der erste nutzbare Bauabschnitt wurde 1411 geweiht. Sie wurde vom Chor im Osten nach Westen fortschreitend errichtet und war anfänglich ein Joch kleiner.
Etwa 100 Jahre später wurde wegen des größeren Konventes (Bursfelder Reform) der Nonnenchor – und damit die Kirche – um das sternförmige Joch im Westen erweitert.
Der erste evangelische Gottesdienst wurde unter dem Druck von Herzog Ernst dem Bekenner gegen den Widerstand der Nonnen am 26. April 1528 in deutscher Sprache gefeiert.
Starke protestantische Impulse lassen sich insbesondere an der Ausstattung der Orgel erkennen. Die evangelische Lehre stützt sich auf Wort und Musik, was in der Dekoration der Orgel deutlich sichtbar wird.
1648 ließ Domina Katharina Margarete von Estorf (1634 – 1659) die Strenge der dunkelroten Backsteinwände durch die barocken Stuckornamente des Gewölbes mildern.

Der Kircheninnenraum und das Kunstinventar wurden zuletzt umfassend von 2009 – 2011 restauriert. Die ein halbes Jahrhundert nach der letzten Restaurierung erforderlich gewordene Maßnahme wurde von der Bauabteilung der Klosterkammer Hannover geplant und durchgeführt. Die Klosterkammer trägt die Leistungsverpflichtungen des Landes Niedersachsen gegenüber Kloster Lüne und den anderen fünf evangelischen Damenstiften und Klöstern des ehemaligen Fürstentums Lüneburg. Für die Arbeiten an der Bausubstanz des Kircheninnenraumes durch beauftragte Firmen hat die Klosterkammer 250.000 Euro aufgewendet. Die Restaurierung und Reinigung der etwa 70 Kunstwerke erfolgte durch eigene Kräfte.

Ein wesentliches Ziel der Kirchenrestaurierung war die Wiederherstellung der Wand- und Deckengestaltung in den bei Voruntersuchungen am Bau ermittelten hellen Farbtönen des 17. Jahrhunderts. Durch veränderte Anordnung von Ausstattungsstücken und neue Beleuchtungskörper hat der Raum als Gottesdienst- und Veranstaltungsstätte eine weitere Aufwertung erfahren.